Durant ses voyages, Ezio collecta toutes les pages du Codex d'Altaïr Ibn-La'Ahad,
figure légendaire de la Confrérie et ancien Mentor des Assassins du Levant, et libéra les villes de Florence,
Venise et Rome de l'influence des Templiers.
Il assura les voyages de Christophe Colomb vers le Nouveau Monde,
libéra Rome de l'influence des Borgia, empêcha la propagation du culte hermétiste d'Ercole Massimo,
permettant à la Renaissance et aux idéaux des Assassins de croître dans toute l'Italie.

Le 2 janvier 1500, jour de son trente-neuvième anniversaire, Monteriggioni fut assiégée et détruite par les Borgia,
et son oncle, Mario, fut tué par Cesare Borgia. Tandis qu'Ezio incita Claudia et sa mère à gagner Florence, elle ne respecta pas cet ordre,
et se rendit à Rome. Malgré la colère de son frère, elle devint tenancière du bordel La Rose Fleurie, qui devint le plus populaire de la ville.
Quelques temps plus tard, après avoir démontré qu'elle savait tout aussi bien se défendre que son frère, elle fut intronisé dans l'Ordre des Assassins.
L'année suivante, elle fut capturée par des associés des Borgia, qui la maltraitèrent. Elle fut sauvée par son frère et l'Assassin Niccolò Machiavelli.
Après cet incident, elle abandonna la direction de la Rose Fleurie et retourna à Florence en 1507, auprès de son amie Paola.

Il supervisa l’entraînement de son neveu, Ezio Auditore da Firenze,
et fit de lui un Assassin à part entière, par ses nombreux conseils avisés.
Mario trouva la mort lors du Siège de Monteriggioni en 1500, exécuté par Cesare Borgia.

Bartolomeo et Ezio se retrouvèrent de nouveau à Rome, où Bartolomeo et sa femme, Pantasilea Baglioni, vivaient dans des baraquements vétustes.
Ezio les aida à les rénover, puis leur prêta main-forte en combattant les alliés français des Borgia, commandés par le Baron de Valois. Grâce à Ezio,
Rome fut libérée de l'emprise des Borgia par les Assassins

Leonardo di ser Piero Da Vinci (1452 – 1519) était un artiste et un scientifique de la Renaissance italienne.
Cette description peut cependant sembler terriblement réductrice, compte tenu de l’étendue de ses talents ;
il maîtrisait en effet la plupart des domaines connus de l’époque, l’anatomie, la sculpture, la cartographie,
la peinture, la botanique, l’ingénierie, l’architecture et les mathématiques n’avaient aucun secret pour lui.
De plus, il joua un rôle de la plus haute importance dans la lutte qui opposa les Assassins à l’Ordre des Templiers,
en demeurant l’ami et l’allié de l’Assassin florentin Ezio Auditore da Firenze.

Rodrigo ne se laissait jamais abattre par ses échecs.
Il poursuivit ses manœuvres politiques avec adresse,
renforça sa position en arrangeant plusieurs mariages pour sa fille Lucrezia et sollicita les plus importantes factions d'Europe en échange de quelques privilèges.
Sa stratégie atteignit son apogée en 1492, lorsqu’il fut élu pape sous le nom d’Alexandre VI au cours d’une des élections les plus ouvertement truquées de l’Histoire de la papauté.

Cesare Borgia (1475 – 1507) était le fils illégitime de Rodrigo Borgia et de sa maîtresse, Vannozza dei Cattanei.
Capitaine général de l’armée du pape sous le règne de son père, Cesare conquit une grande partie de la Romagne et devint un acteur majeur de la scène politique italienne.
Descendant d’une brillante lignée de Templiers (son père était Grand Maître), Cesare fut un redoutable ennemi pour la Confrérie des Assassins.
Assoiffé de pouvoir, il tua notamment son père afin d'obtenir le titre de Grand Maître. Malgré son allégeance aux Templiers, il ne cherchait en réalité qu'à obtenir le Fragment d'Éden pour lui seul.

Lucrezia Borgia (1480 – 1519) était la fille illégitime de Rodrigo Borgia et de Vannozza Cattanei,
et la sœur de Cesare Borgia. Elle faisait partie de l'Ordre des Templiers, et devint plus tard duchesse de Ferrare.
Durant sa jeunesse, son père la maria cruellement deux fois avant même ses treize ans, à des fins politiques.
La rumeur courait également qu'elle fut abusée sexuellement par son propre père et son frère.
Lucrezia aida plus tard le pape et Cesare à assurer leur emprise sur Rome,
en surveillant les événements lorsque son père ou son frère étaient absents. Elle fut aussi la geôlière de Caterina Sforza,
comtesse de Forlì, quand celle-ci fut emprisonnée au Château Saint-Ange.