Révélations
John Sugden et Alan Tomlinson signent en 1998 FIFA and the contest for world football: who rules the people's game?, ciblant la période 1970-1998.
David Yallop publie en 1999 How they stole the game (comment ils ont volé le jeu). Il y dénonce notamment la gestion de João Havelange.
Dans la même veine, Andrew Jennings publie en 2006 Carton rouge !, où il dénonce la gestion de Sepp Blatter en reprenant nombre de données déjà publiées par Yallop (élections « truquées » en 1996 et 1998 entre autres).
En 2014, l'ancien président de la fédération anglaise de football David Triesman compare à la Chambre des lords Sepp Blatter à Vito Corleone, et déclare :
« La FIFA possède une longue tradition de pots-de-vin, de magouilles et de corruption. La FIFA se conduit comme une famille de mafieux. La corruption a été érigée en système et soutenue par l'absence d'investigations et où la plupart des accusés échappe aux enquêtes. Des douzaines de travailleurs immigrés tués dans la construction des stades au Qatar sont ainsi ignorées ».
L'affaire ISL et le système Blatter
La faillite de la société suisse International Sport and Leisure (ISL), en 2001 avec des dettes de plusieurs dizaines de millions d'euros révèle le premier gros scandale de corruption touchant la FIFA. L'entreprise avait obtenu l'exclusivité de la vente des droits marketings de plusieurs Coupes du monde.
Dès l'année 2001, le juge d'instruction du canton de Zoug Thomas Hildbrand, spécialisé dans les crimes et délits économiques, mène son enquête sur la société désormais en faillite ISL. En mai 2002 déjà, le secrétaire général de la FIFA, Michel Zen-Ruffinen, avait publiquement dénoncé les dysfonctionnements au sein de l'association de football et critiqué le « système Blatter ». Un mois plus tard, il était contraint de démissionner.
Les investigations de la justice mènent aux perquisitions dans les bureaux de la FIFA à Zurich en novembre 2005, en raison de forts soupçons de détournement de fonds et de corruption. L’enquête de Michael Garcia accuse directement le président de la FIFA Joao Havelange et son gendre Ricardo Teixeira, puissant patron du football brésilien de 1989 à 2012 et vice-président de la FIFA. Les deux hommes auraient touché 40 millions d'euros de pots-de-vin dans les années 1990.
La BBC diffuse le 11 juin 2006 un reportage où apparaissent d'anciens employés d'ISL confirmant le versement entre 1982 et 2001 de pots-de-vin aux dirigeants de la FIFA. Sepp Blatter refuse de participer à ce reportage, mais nie les faits. Les équipes de l'émission d'informations BBC Panorama sont mises à l'index par la FIFA, mais les journalistes britanniques de la BBC répliquent le 10 décembre 2006 en diffusant un reportage suivant l'affaire ISL/FIFA et dénoncent également des irrégularités dans les ventes des billets de match pour la Coupe du monde. BBC Panorama poursuit sa série sur la FIFA avec un nouveau reportage diffusé le 22 octobre 2007. L'enquête a été bouclée en 2010 et aucune charge n'a été retenue contre la FIFA ou son président.
À la suite de la désignation de la Russie et du Qatar comme pays organisateurs des coupe du monde 2018 et 2022, de forts soupçons de corruption pèsent sur certains membres du comité exécutif de la FIFA. Soupçons confirmés en 2011 par le bannissement à vie de toute activité liée au football du Qatari Mohamed Bin Hammam, ce président de la Confédération asiatique étant accusé d'avoir acheté des voix dans le cadre de l'élection présidentielle de l'instance.
Matchs truqués
En juillet 2011, le New York Times déclenche une nouvelle polémique. Le quotidien met en évidence l’existence de matchs truqués (profitant aux bookmakers), de détournements de fonds, et de corruption au sein de l'organisation (des cadres anglais et australiens se seraient plaints de demandes de pots-de-vin de la part des dirigeants de la FIFA).
Trafic de billets
En 2014, un vaste trafic de billets d'entrées pour les matchs est démantelé par la police brésilienne. Un membre de la FIFA, Mohamadou Lamine Fofana ainsi que le directeur de la société Match Hospitality, Ray Whelan, sont arrêtés par la police. Le trafic pèse 70 millions de dollars et date des quatre dernières coupes du monde. La société suisse Match Hospitality est un prestataire exclusif de la FIFA, cette société suisse appartient à la société suisse Infront Sports and Media, dirigée par Philippe Blatter, le neveu de Sepp Blatter.
Arrestations pour racket, blanchiment et corruption
Le 27 mai 2015, sept hauts responsables de la FIFA sont arrêtés par la police à Zurich à l'occasion de leur rencontre annuelle. L'arrestation se produit à la demande des autorités judiciaires américaines et serait le résultat d'une enquête menée durant trois ans par le FBI sur « des faits présumés de racket, blanchiment d'argent et corruption dans le cadre notamment de l'attribution de plusieurs coupes du monde ou de contrats marketing » qui se seraient étalés sur une période de vingt ans. Les autorités judiciaires américaines demandent l'extradition de ces personnes pour les juger aux États-Unis.
Au cours d'une conférence de presse tenue à New York en présence notamment de Loretta Lynch, procureur général des États-Unis, et de James Comey, directeur du FBI, la justice américaine a donné plus d'informations sur les faits reprochés aux personnes arrêtées. Avec cette enquête, la justice américaine entend s’attaquer à « un système vieux de vingt-quatre ans destiné à s’enrichir grâce à la corruption dans le football international ». Plus tôt dans la journée le ministère de la justice américain avait publié un texte décrivant une pratique « systémique » et ayant touché « au moins deux générations d’officiels du football, qui ont abusé de leur position pour toucher des pots-de-vin et des commissions occultes de plusieurs millions de dollars ».
Le 24 juillet 2015, l'un des principaux sponsors de la FIFA, le groupe bancaire Visa demande la création d'une commission indépendante dans l'affaire de corruption qui touche l'instance. Le groupe bancaire rejoint ainsi d'autres sponsors comme Coca-Cola ou McDonald's qui ont également demandé la création d'une commission indépendante et appelé à une réforme en profondeur de l'institution. Mardi 9 mai 2017, la commission d'enquête a été dissoute par la direction de la FIFA pour cause politique et par le risque de voir d'autres personnes éclaboussées par la corruption.