Le Football Club Internazionale Milano est fondé dans le Ristorante Orologio (en français le "Restaurant Horloge") le 9 mars 1908 par quarante-quatre membres dissidents de l'époque, italiens et suisses (dont entre autres Giorgio Muggiani, un peintre qui dessina le logo du club, Bossard, Lana, Bertoloni, De Olma, Enrico Hintermann, Arturo Hintermann, Carlo Hintermann, Pietro Dell'Oro, Hugo et Hans Rietmann, Voelkel, Maner, Wipf, ou encore Carlo Ardussi), de l'unique club de Milan, le Milan Cricket and Football Club (aujourd'hui l'AC Milan), mécontents de voir leur ancien club refuser aux étrangers la possibilité de jouer5. La volonté initiatrice des fondateurs de donner la possibilité aux joueurs non italiens de porter le maillot du club se retrouve dans son nom « Internazionale ». Ses couleurs sont à l'origine l'or, le noir et le bleu Le premier président du club est Giovanni Paramithiotti, remplacé en 1909 par Ettore Strauss et en 1910 par Carlo De Medici. Seulement deux ans après la fondation du club, l'Inter remporte son premier championnat, qu'elle doit notamment au talent de son entraîneur-joueur international, Virgilio Fossati. La présidence du club change à plusieurs reprises au cours des années suivantes et l'équipe ne gagne pas de nouveau titre. La Première Guerre mondiale provoque l'interruption des compétitions au cours de la saison 1914-1915 et l'annulation des championnats suivants. Mobilisé, le capitaine Fossati perd la vie au combat en 1916.

Angelo Moratti rachète le club en 1955 au président Carlo Masseroni qui doit quitter le club. Après plusieurs années sans succès, il débauche en 1960 l'entraîneur franco-argentin du FC Barcelone, Helenio Herrera. Celui-ci fait venir l'année suivante l'attaquant espagnol Luis Suárez Miramontes, Ballon d'or en 1960, et bâtit rapidement une équipe emblématique de l'histoire du club, connue comme la Grande Inter. Fin tacticien, Herrera bâtit une Inter hermétique, basée sur un système en 5-3-2 qui perfectionne le catenaccio, un système défensif optimisant l'art de la contre-attaque. L'Inter accueille deux nouvelles recrues : le milieu droit Jair et Tarcisio Burgnich, arrivé de Palerme. Le «magicien» Helenio Herrera achète des joueurs expérimentés pour les associer aux jeunes déjà en place et au talent de Mario Corso, célèbre pour ses coups-francs "en feuille morte". L'équipe commence doucement, mais se reprend à la mi-championnat et remporte presque tous ses matchs face à ses opposants directs, comme le 4-0 infligé à Bologne. Après la victoire dans le Derby, avec un étincelant Mazzola, vient la douche froide d'une défaite à Bergame contre l'Atalanta. Angelo Moratti est furieux et ordonne à l'équipe de jouer avec la réserve : Bugatti dans les buts, au milieu Bolchi et en attaque Maschio en lieu et place de Buffon, Zaglio et Di Giacomo, que le Presidentissimo considère comme responsable de la défaite. La frustration gagne l'équipe et l'Inter écrase le Genoa 6-0. Deux mois après, la victoire sur la Juventus, toujours grâce à un travail très important de Mazzola, projette l'Inter vers le Scudetto 1963. La certitude mathématique vient la semaine suivante. En revanche, l'Inter est éliminé dès les quarts de la Coupe d'Italie. La victoire en Serie A qualifie l'Inter en Coupe des clubs champions, et pour pallier ce surplus de match arrive le gardien Giuliano Sarti, l'attaquant Aurelio Milani et Horst Szymaniak. Le tirage au sort de la Coupe n'est pas heureux : l'Inter démarre au Goodison Park de Liverpool contre Everton. Avec une chance incroyable, l'Inter fait 0-0 à l'aller et gagne ensuite au retour avec un but de Jair. En huitième, l'équipe de HH élimine facilement l'AS Monaco. En quarts, le duel face au Partizan s’avère moins difficile que prévu (2-0 et 2-1). En demi, l'Inter se retrouve opposé au Borussia Dortmund. Après une bataille acharnée en Allemagne, l'Inter arrache un précieux 2-2 et à San Siro, Mazzola et Jair qualifient l'Inter en finale. Ils y affrontent au Prater de Vienne le Real Madrid qui, malgré l'âge avancé de ses joueurs, est arrivé facilement en finale. À Vienne, le 27 mai 1964, devant 20 000, Herrera pare tous les coups : Tagnin sur Di Stefano, son dernier match sous le maillot merengue, Guarneri sur Puskas, Facchetti marque Amancio, Burgnich contre la vitesse de Gento. En bloquant les hommes clés, l'Inter se crée des espaces : Mazzola, avec un boulet de canon, ouvre le score et l'Inter affine par la suite le résultat (3-1). Luis Suárez, un ancien de Barcelone, prend sa revanche sur ses rivaux, comme Herrera, qui avait joué en Catalogne en 1960, et avait été éliminé par le Real Madrid en demi-finale. L'Inter a remporté le trophée tant convoité et devient également la première équipe en Europe à remporter la Ligue des champions sans même avoir subi une défaite (7 victoires et 2 nuls).

En 1986, l'Inter se veut ambitieuse et confie les rênes de l'équipe à Giovanni Trapattoni vainqueur de nombreux scudetti et de la Coupe d'Europe des Clubs champions avec la Juventus deux ans plus tôt. Le mercato enregistre également l'arrivée de l'expérimenté défenseur argentin Daniel Passarella en provenance de la Fiorentina. Après une défaite face à Brescia lors de la première journée du championnat, l'équipe de Trapattoni enchaîne une série de 13 matchs sans défaites et font la course au titre avec la Napoli et la Juventus. L'équipe terminera à la troisième place et sera éliminée en 1/4 de finale de la Coupe de l'UEFA par Göteborg. La saison 1987-1988 fut précédée de grande attentes, néanmoins elle fut globalement décevante. L'Inter termine à une anonyme 5ème place et se fait éliminer de la Coupe de l'UEFA par l'Espanyol Barcelone dés les seizième de finale. Le parcours en coupe d'Italie s'achève en demi-finales face à la Sampdoria. L'Inter perdra les 2 derby face au grand Milan AC d'Arrigo Sacchi. A l'été 1988, l'Inter enregistre l'arrivée de 3 joueurs majeurs : Lothar Matthäus, Andreas Brehme et Nicola Berti. Ils seront les leaders de l'équipe pendant plusieurs saisons. A l'issue de cette saison le club remporte le championnat de façon spectaculaire avec à la clé un record de points dans la Serie A à 18 équipes avec la victoire à 2 points. Cette victoire nette avec plus de 10 points d'avance est acquise face aux deux grands clubs du moment :le grand rival milanais, le Milan AC, tenant du titre et futur double champion d'Europe, et le SSC Naples de Diego Maradona. Aldo Serena complète ce triomphe en terminant capocannoniere avec 22 buts, devant Marco van Basten et Careca (19 buts). Ce titre permet alors à l'Inter de figurer au troisième rang des clubs les plus titrés en championnat, avec treize titres. Les interistes sont moins souverains en europe où ils s'inclinent dès les seizièmes de finale face à Bayern Munich.

Hector Cuper, double finaliste de la Ligue des champions avec Valence, arrive à l'Inter en 2001. Il y restera deux saisons et y connaitra les mêmes désillusions qu'en Espagne en amenant l'Inter près de la victoire. L'équipe passe tout près du titre lors de la saison 2001-2002 : le club lombard reste en tête du championnat toute la saison et compte six points d'avance sur ses premiers poursuivants à quatre journées de la fin, avant de s'écrouler. Le club perd le titre lors du dernier match sur une défaite face à la Lazio de Rome (2-4 après avoir mené 2-1). La même année, l'équipe est éliminée en demi-finale de la coupe de l'UEFA. En 2002-2003, l'Inter termine à la deuxième place du championnat devant son rival le Milan AC, qui l'élimine néanmoins en demi-finale de la Ligue des champions en application de la règle du but inscrit à l'extérieur bien que les deux matchs se soient déroulés dans la même enceinte (0-0; 1-1). Cette élimination cruelle marque la fin de la période Cuper et l'arrivée d'Alberto Zaccheroni sur le banc des nerazzurri en octobre 2003.

La saison 2003-2004 est marquée par l'éclosion du Brésilien Adriano, dont le talent rappelle celui d'un certain Ronaldo. Néanmoins, les résultats collectifs ne sont pas au rendez vous, l'équipe se qualifiant de justesse en fin d'année pour la ligue des champions et est éliminée en quarts de finale de la Coupe de l'UEFA par l'Olympique de Marseille. La saison est aussi marquée par les six points pris au rival turinois, (1-3 à Turin (premier succès interiste à Turin depuis 1993 en championnat) et 3-2 à San Siro). Le jeune entraîneur Roberto Mancini arrive à la tête de l'équipe à l'été 2004. Ses deux premières saisons s’achèveront sur une troisième place en championnat derrière les intouchables Juventus et Milan AC, ainsi que deux éliminations en quart de finale de la Ligue des champions, dont une nouvelle face au rival du Milan AC qui voit la victoire attribuée aux Rossoneri sur tapis vert après des débordements des supporters de l'Inter. Maigre consolation, l'Inter remporte à deux reprises la Coupe d'Italie en 2005 et 2006 ainsi que la supercoupe d'Italie. L'équipe est emmenée à cette période par Adriano ainsi que des joueurs expérimentés comme Luis Figo et Juan Sebastian Veron. Le destin de cette équipe va changer à la suite de la révélation d'un des plus grands scandales de l'histoire du football italien : calciopoli.

Durant son premier match officiel sous les couleurs de l'Inter, The Special One décroche la supercoupe d'Italie, une nouvelle fois face à l'AS Rome, lors de la séance des tirs au but. Il dédie ce succès à son prédécesseur, Roberto Mancini, sans qui il n'aurait pu ajouter cette supercoupe à son palmarès. Lors de la saison 2009-2010, l'Inter se qualifie pour la finale de la Ligue des champions, trente-huit ans après sa dernière finale en Coupe des clubs champions. Guidée par le meneur d'hommes José Mourinho et bénéficiant d'un mercato bien géré[réf. nécessaire], l'Inter rivalise et élimine Chelsea en huitièmes, le CSKA Moscou en quart et le tenant du titre, le FC Barcelone, en demie. Le 5 mai 2010, elle gagne la Coupe d'Italie de football contre l'AS Rome sur le score d'un but à zéro, inscrit par Diego Milito. C'est ce même Diego Milito qui inscrit l'unique but contre Sienne lors de la 38e et dernière journée de championnat pour offrir du même coup au club le 18e Scudetto de son histoire, le 5e d'affilée. Le 22 mai 2010, l'Inter retrouve enfin les sommets de l'Europe et remporte sa 3e Ligue des champions à Madrid, au Santiago Bernabéu, face au Bayern Munich (0-2) grâce à deux nouveaux buts de Diego Milito. Ces succès mettent en valeur la solidité défensive de l’équipe ainsi que le talent de ses attaquants, Samuel Eto'o et Diego Milito.

Le club est racheté au début de la saison 2016-2017 par un investisseur chinois, le Suning. Le groupe est prêt à investir massivement pour redorer les couleurs du club et en refaire une place forte du football européen — il est absent de la Champions League depuis 5 ans. Durant le mercato estival le club acquiert les services de João Mário, meneur de jeu de la sélection portugaise sacrée durant l'été à l'Euro pour 45 millions d'euros. Arrivent également l'international italien Antonio Candreva pour 29 millions d'euros ainsi que le jeune espoir brésilien Gabriel "Gabigol" Barbosa pour 30 millions d'euros. En désaccord avec sa direction, Robert Mancini quitte le club en pleine préparation estivale, il est remplacé par Frank de Boer en provenance de l'Ajax Amsterdam. Ce dernier, adepte d'un football offensif à la néerlandaise a toutes les peines du monde à obtenir des résultats probants. En dépit d'une victoire face à la Juventus championne en titre (1-2) il est licencié dés novembre et remplacé par Stefano Pioli. Bien que l'équipe semble stabilisée, les résultats restent médiocres et il est limogé à son tour à quelques journées de la fin de la saison, remplacé par son adjoint. L'Inter finit la saison à la 7ème place et Mauro Icardi, désormais leader de l'équipe est à nouveau meilleur buteur du championnat avec 24 réalisations.

La saison 2017-2018 est celle du tournant dans l'ère « après triplé de l'Inter » : l'équipe réalise une bonne première partie de saison: 16 matchs sans défaite et premier au classement devant la Juventus et Naples. L'Inter connait ensuite une période de disette où l'équipe enchaîne 7 matchs sans victoire. Mauro Icardi qui poursuit au classement des buteurs de Serie A, Ciro Immobile, revient de blessure et l’Inter commence à engranger de nouveaux des points précieux dans l'objectif du club: se qualifier pour la Ligue des champions 2018-2019. Lors de la dernière journée, l'Inter doit impérativement gagner chez la Lazio Rome, les romains devançant l'Inter de 3 points et occupants la 4e place qualificative pour la ligue des champions. Mené 2-1 à la mi-temps après des buts de Perisic (csc) et Felipe Anderson pour le club romain et de D'Ambrosio pour l'Inter, le club milanais obtient à un quart d'heure de la fin un pénalty, transformé par Icardi, qui devient au passage meilleur buteur de la Serie A. Matías Vecino envoie ensuite l'Inter en Ligue des champions sur un coup de tête à la 81e minute du match, score final 3-2, avec cette victoire l'Inter prend la 4e place du classement et retourne en C1 six ans après sa dernière apparition.