Les pays fonctionnent comme des entités politiques distinctes et sont gouvernés par des daimyô. Ces pays maintiennent l'équilibre entre eux grâce à rien d'autre que leur puissance. Des traités sont régulièrement signés, mais ils n'ont généralement pas beaucoup plus de valeur que le papier sur lequel ils sont écrits. Ils existe 3 sortes de pays, les 5 grands pays ninja, les pays avec force militaire et les pays sans force militaire. À noter que les 5 grands pays peuvent rentrer dans la catégorie des pays avec force militaire.
Konoha (木ノ葉隠れの里, Konohagakure no Sato, Signifiant littéralement : Village Caché des Feuilles) est un des cinq grands villages ninja et il est l'un des plus puissants. Comme tel, c'est un des cinq villages avec un Kage comme leader, connu sous le nom de Hokage. A Konoha se trouve le Monument Hokage. Le village est dans le Pays du Feu. Bien que Konoha soit très puissant, il a été paisible pendant les 16 ans passés et s'est habitué à cette paix, sa population a atteint 31 000 entre ninjas et paysans, il reste un des villages les plus puissants déjà existants et a un grand pouvoir militaire.
Suna (砂隠れの里, Sunagakure no Sato, Signifiant littéralement : Village Caché par le Sable) est l'un des cinq grands villages ninja, et possède donc un Kage connu sous le nom de Kazekage. Les ninjas de ce village semblent se spécialiser dans les techniques Fûton et le marionnettisme. Certains shinobi sont spécialisés dans le fûinjutsu. Suna est situé dans le Pays du Vent et porte bien son nom puisqu'il se trouve caché au beau milieu du désert aride balayé par des vents violents. Cependant, Suna est l'un des villages les moins puissants parmi les cinq grands villages cachés.
Kumo (雲隠れの里, Kumogakure no Sato, Signifiant littéralement : Village Caché par les Nuages), est le caché dans le Pays de la Foudre. En tant que l'un des cinq grands villages ninja, Kumo est dirigé par un Kage connu sur le nom de Raikage. Il y eut cinq Raikage, l'actuel étant Darui, qui était auparavant la bras droit du Quatrième Raikage. Kumo est reconnu pour être le plus puissant parmi les cinq villages cachés.
Iwa (岩隠れの里, Iwagakure no Sato, Signifiant littéralement : Village Caché par les Roches) est le village du Pays de la Terre. Son symbole est fait de deux roches, avec une plus petite devant une plus grande. Comme les cinq grands villages ninja, Iwa possède un Kage connu sous le nom de Tsuchikage. Les ninjas de ce village sont connus pour avoir une discipline de fer, obéissant sans hésiter aux ordres de leur Kage, jusqu'à la mort. plus, ils semblent se spécialiser dans les techniques Doton.
Kiri (霧隠れの里, Kirigakure no Sato, Signifiant littéralement : Village Caché par la Brume) est localisé dans le Pays de l'Eau. C'est l'un des cinq grands villages ninjas, dirigé par un Kage connu sous le nom de Mizukage. C'est aussi l'endroit d'où les Sept Épéistes de la Brume sont originaires. Kakashi et Orochimaru déclarèrent tous deux que Kiri avait une armée forte et impitoyable qui ne pouvait pas être facilement battue.