Quelques instants après la sortie du jeu VR Sword Art Online, les 10 000 copies du jeu se sont écoulées et c'est ce même nombre de joueurs qui se connectera dés l'ouverture des serveurs.
Cependant, ils vont vite déchanter,lorsqu'ils remarquent qu'ils ne peuvent pas se déconnecter. Ils ne comprennent la raison que plus tard, lorqu'Akihiko Kayaba, le créateur du jeu, les téléporte de force à la ville de départ et leurs annonce que le seul moyen de se déconnecter est de finir les 100 étages du Château volant d'Aincrad.
Il a ensuite informé les joueurs que la réssurection était impossible et que si une quelconque intervention extérieur survenait et le déconnectait du jeu trop longtemps le Nerve Gear ferait griller le cerveau du joueur.
C'est ainsi que commence l'histoire de Kirito, un des 1000 bêta-testeurs, décidé à avancer le plus vite possible en tant que joueur solo et à vaincre le château.
Au cours de son avancée en tant que joueur solo, Kirito devient ami avec d'autres joueurs et décide de rejoindre leur guilde : Les chats noirs du clair de lune. Malheureusement, les jours heureux de Kirito n'ont pas duré. En effet, la guilde est tombé sur une salle piégé et Kirito en fut le seul survivant.
A la suite de cela, il a commencé à s'isoler à nouveau, mais il a fini par rencontrer beaucoup d'autre joueurs avec qui il est devenu amis et qui s'inquiétait beaucoup pour lui. Sa rencontre la plus importante fut Asuna. Il finira par rejoindre la guilde d'Asuna, les Knight of Blood, après s'être fait battre en duel par Heathcliff, le chef de cette guilde, consideré comme le joueur le plus puissant du jeu.
Pendant cette période, il se rapprochera beaucoup d'Asuna et finira par sortir avec après l'avoir sauvée de Kuradeel, un membre des KoB jaloux de Kirito.
Ils feront ensuite la rencontre de Yui, une IA ayant perdu ces souvenirs, qu'ils consideront comme leurs fille et qui disparaîtra quelque temps, supprimée par le système cardinal, après avoir utilisé ses droits d'administrateurs pour sauver ses nouveaux parents. Heureusement, Kirito s'y connaissant en informatique parvient à extraire les données de Yui afin qu'elle ne soit pas supprimée à jamais.
C'est après le combat contre le boss du palier 75 que Kirito comprend que quelque chose ne va pas avec Heathcliff. Il se tient toujours debout et n'a perdu presque aucun point de vie. Kirito attaque donc HeathCliff et en voyant que le chef de guilde est protégé par le système, comprend qu'il est Akihiko Kayaba.
Commence donc un combat à sens unique malgré le retrait de l'invincibilité du créateur.
Alors que Kirito allait mourrir Asuna se jette devant lui pour le sauver. Face à la mort de sa bien-aimée, il perd tout ses moyens et n'a plus la force de se battre. Cependant, pensant à tous les amis qu'il laisse derrière lui, il réussit dans un élan de volonté à se redresser malgré l'épée transperçant son corps et enmène avec lui dans la tombe son plus grand ennemi.
Kirito réapparait au dessus de l'Aincrad avec Asuna. Kayaba les rejoint, leur explique ses motivations et les félicite pour avoir réussi à le vaincre avant de disparaître. Kirito et Asuna se donnent leurs vrai nom et s'étreignent une dernière fois, alors que l'Aincrad ainsi que le monde de Sword Art Online disparaisse.
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