Deux mois se sont écoulés après la fin de l'incident de Sword Art Online. Bien que la majorité des 6 147 joueurs survivants aient été déconnectés avec succès, 300 d'entre eux, y compris Asuna, ne s'étaient pas encore réveillés pour des raisons inconnues. Kazuto Kirigaya (Kirito), qui avait acquis l'emplacement d'Asuna auprès d'un représentant nommé Seijirô Kikuoka de la Division des contre-mesures de la SAO en échange d'informations sur l'incident de SAO, l'a constamment visité à l'hôpital.
Au cours d'une de ces visites, le père d'Asuna a amené un homme nommé Sugô Nobuyuki dans la salle. Quand Shouzou quitta la pièce, Sugô Nobuyuki révéla qu'il allait épouser Asuna la semaine suivante, alors qu'elle ne pouvait rien faire contre cette décision. Sugô Nobuyuki a ensuite affirmé qu'il avait tout le droit de le faire car il était responsable de RECT Progress, la société qui avait repris la gestion des serveurs Sword Art Online après l'effondrement d'Argus, l'entreprise qui a publié le jeu. Le lendemain, Kazuto a reçu un courriel d'Agil qui comprenait une photo de ce qui semblait être Asuna, piégée dans une cage d'oiseaux.
Kazuto a découvert par Agil que la photo a été prise par des joueurs qui ont essayé de voler l'Arbre du Monde dans ALfheim Online. Après avoir entendu plus de détails sur le jeu et remarqué que le jeu était produit par RECT Progress, Kazuto a décidé de vérifier le jeu pour voir si Asuna était vraiment dedans.
Dans le jeu, il a fini dans la Forêt antique en raison d'une erreur et a rencontré une joueuse Sylphe nommée Leafa, qui était menacée par trois joueurs Salamenders. Après avoir entendu parler du désir de Kirito d'aller à l'Arbre du Monde, Leafa a proposé de l'emmener là-bas et les deux sont partis en voyage le lendemain.
Étant devenu un spriggan, un elfe noir, il s'est entrainé à utiliser ses nouvelles ailes afin de pouvoir rejoindre Asuna au sommet de l'arbre monde.
Après avoir entendu Kirito parlé d'Asuna, Leafa qui était en réalité sa "petite soeur", se met à pleurer et se déconnecte. Kirito la suit et décide d'aller lui parler. Après de longue minutes passer à discuter, Kirito et Leafa se reconnectent au jeu et se lancent un duel. À la suite de ce duel, ils partent affronter l'arbre monde et ses redoutables gardiens. Malgré leurs force semblant insurmontable, Kirito parvient à se frayer un chemin jusqu'au sommet de l'arbre.
Kirito retrouve Asuna enfermée et apprend que c'est Sugo qui a enfermé les 300 joueurs de SAO afin d'effectuer des expériences sur leurs esprits afin d'en prendre le contrôle. Kirito ayant obtenu les droits d'administration sur tout les jeux utilisant le système Cardinal par Kayaba, il décide de mettre la réduction de douleurs à 0 pour faire ressentir à Sugo la douleur qu'il a provoquée chez Asuna et les autres joueurs.
Asuna est donc libre et peut se déconnecter.
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