En Juin 2026, Kirito se voit offrir un travail par Seijirou Kikuoka, chef du département des crimes VR, pour tester une nouvelle machine d'immersion complète : le Soul Translator (STL) crée par la société Rath. Kirito devait simplement rester en immersion continue pendant un week-end, et ne garderait aucun souvenir de ce qu'il y avait fait.
La véritable raison de ces expériences est de créer une Intelligence Artificielle (IA) de type Bottom-up à des fins purement militaires, ce que Kirito ignore. Pour cet effet, la société RATH a copié l'âme d'un nouveau-né et l'a dupliqué pour commencer à peupler l'Underworld, le jeu où vont se développer des IA, pour trouver une ALICE.
En utilisant la fonction d'accélération de la Fluctlight, plus de 300 ans se sont écoulés dans le Monde des Hommes de l'Underwold, tandis que seulement 3 semaines se sont passées dans le monde réel. La Flughtlight peut être accélérée jusqu'à mille fois. Les scientifiques s'occupant du projet, dont fait parti Kikuoka, souhaitent voir si les Fluctlights Articielles évoluant dans l'Underwold sont capables d'outrepasser les règles régissant le monde des Hommes : les Tables Interdites.
Kirito est resté onze ans dans le monde des Hommes durant sa première immersion. Il y a vécu son enfance avec ses deux meilleurs amis : Alice et Eugeo. Vers la fin de sa période d'immersion, Kirito a vu Alice se faire enlever par un Chevalier Intègre pour avoir enfreint les Tables Interdites et pénétrée dans le Pays des Ténèbres. D'après Kikuoka, la présence de Kirito influence beaucoup les Fluctlight autour du lui et les pousse à être plus téméraires.
De retour dans la réalité, Kirito se rend au Dicey Café, ayant rendez-vous avec Sinon. Il la félicite pour sa seconde place au dernier BoB. Ils sont ensuite rejoint par Asuna et discutent alors du STL ainsi que des Fluctlight. Après une longue discussion, Sinon rentre chez elle tandis que Kirito raccompagne Asuna. Sur le chemin, il lui annonce son projet de partir aux États-Unis l'été prochain pour y poursuivre ses études. Il lui demande également de l'y accompagner ce qu'Asuna accepte avec joie.
C'est à ce moment que Johnny Black, 3e membre de Death Gun et ancien joueur rouge des Laughing Coffin, attaque Kirito et lui administre de la succinylcholine, un poison paralysant les muscles. Asuna reste avec Kirito dans l'ambulance et observe, impuissante, son petit amis tombant dans le coma.
Kirito sera renvoyé dans le STL par Kikuoka afin de minimiser les dégats provoqués par le poisson. Il se réveil donc à nouveau dans l'Underworld mais en possession de tout ses souvenirs à l'exception de ceux supprimés par ces anciennes allées et venue dans le STL.
Il rencontrera à nouveau Eugeo et redeviendra ami avec lui. Il décidera de l'aider à aller jusqu'à la Capitale de Centoria afin de l'aider à sauver Alice mais aussi de contacter le monde extérieur.
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