Synopsis Or et Argent:

L'action de Pokémon Or et Argent se déroule dans la région fictive de Johto, trois ans après les événements Pokémon Rouge et Bleu. Johto est constituée de dix villes peuplées par des humains et de routes terrestres ou maritimes qui les relient entre elles. Certaines zones ne sont accessibles que quand le joueur apprend une capacité spéciale à son Pokémon, par exemple « Surf » pour parcourir les routes marines. Chaque zone géographique de Johto est habitée par différentes espèces de créatures appelées « Pokémon » (abréviation de « pocket monsters », « monstres de poche » en anglais), chacun d'entre eux possédant une zone de répartition différente.
Le protagoniste de Pokémon Or et Argent est un jeune garçon du nom de Gold qui vit à Bourg Geon (New Bark Town). Au début du jeu, le joueur se voit offrir le Pokémon de son choix parmi Germignon, Héricendre et Kaiminus (Chikorita, Cyndaquil et Totodile) par le Professeur Orme (Elm) afin d'être envoyé chercher une « grande découverte » chez M. Pokémon (Mr. Pokémon) : un œuf de Pokémon. Le professeur Chen (Oak) qui se trouve chez ce dernier remet un Pokédex à Gold. Peu après, un autre jeune garçon du nom de Silver vole un Pokémon au professeur Orme et engage un combat de Pokémon avec le héros ; il deviendra son rival tout au long de l'aventure. Voyant l'amitié qui lie Gold à son Pokémon, le professeur Orme décide de lui offrir et lui propose de partir à la découverte de Johto.
Le joueur entame alors une quête à travers Johto, capturant des Pokémon sauvages, les entraînant et combattant avec ceux des autres dresseurs Pokémon, avec pour but de d'obtenir le titre de « Maître Pokémon ». Pour cela, il devra vaincre les huit Champions de Johto dans un combat de Pokémon pour obtenir leur « badge ». Il affrontera également la Team Rocket, une organisation criminelle qui vole les Pokémon. Une fois les huit badges acquis, le joueur sera autorisé à combattre la Ligue Pokémon, qui se compose des meilleurs dresseurs de Pokémon de la région. Il aura ensuite accès à la région de Kanto, où se déroulait l'action de Pokémon Rouge et Bleu, pour en combattre les huit Champions. In fine, il affrontera Red, le héros de Pokémon Rouge et Bleu au Mont argenté.