Synopsis Pokémon et Pokémon

Le jeu se déroule dans la région insulaire et paradisiaque d'Alola, inspirée de l'île d'Oahu, dans l'archipel d'Hawaï. Cette région est composée de quatre îles, ainsi que d’une île artificielle, le paradis Aether. Chacune des îles naturelles est sous la surveillance de Pokémon protecteurs, appelés les Toko ; vénérés par les habitants, ce sont eux aussi qui choisissent les doyens. La première île est Mele-mele, où le héros a déménagé, et son protecteur est Tokorico ; la seconde île est Akala, dont le Pokémon protecteur est Tokopiyon ; la troisième, Ula-Ula, dont le Pokémon protecteur est Tokotoro ; la dernière s'appelle Poni, dont le Pokémon Protecteur est Tokopisco.
L'histoire débute par le déménagement du personnage principal de la région de Kanto vers celle d'Alola. Il y rencontre d'autres enfants et adultes le poussant à réaliser le « Tour des Iles », une épreuve équivalente à la collecte des badges dans les précédents jeux de la série.
Deux scientifiques Pokémon apparaissent dans ce jeu : le professeur Euphorbe, ainsi que Raphaël Chen, le cousin du professeur Chen de Pokémon Rouge et Bleu, qui s'intéresse aux formes régionales de certains Pokémon. La « Team » ennemie de cette génération se nomme la Team Skull et a pour chef Guzma.