Synopsis Rubis et Saphir:

L'action de Pokémon Rubis et Saphir se déroule dans la région fictive de Hoenn. Insulaire, elle est constituée de six villes et neuf villages peuplés par des humains et de routes terrestres, maritimes et sous-marines qui les relient entre elles. Chaque zone géographique de la région est habitée par différentes espèces de créatures appelées Pokémon.
Le protagoniste de Pokémon Rubis et Saphir est un jeune garçon appelé Ruby ou Brice ou une jeune fille nommée Sapphire ou Flora qui vient d'emménager à Bourg-en-Vol (Littleroot Town). Le père du héros ou de l'héroïne est champion d'arène. Au début du jeu, il ou elle va aider le professeur Seko (Birch) attaqué par une espèce de Pokémon. Le professeur demande au protagoniste de lui venir en aide en choisissant un Pokémon parmi les trois proposés : Arcko, Poussifeu et Gobou (Treecko, Torchic et Mudkip). Afin de le remercier, le professeur donnera au joueur le Pokémon choisi comme « Pokémon de départ ». Après avoir traversé la première ville, le rival défie le joueur dans un combat où s'affrontent leurs deux Pokémon de départ; il continuera de combattre le héros tout au long de son aventure.
Le joueur entame alors une quête à travers Hoenn, capturant les Pokémon sauvages, les entraînant et combattant avec ceux des autres dresseurs Pokémon, avec pour but de d'obtenir le titre de « Maître Pokémon », comme pour les opus précédents. Pour cela, il rencontrera dans certaines villes des établissements spéciaux appelées « arènes », à l'intérieur desquelles demeure un champion que le joueur devra battre dans un combat Pokémon pour obtenir un badge. Une fois les huit badges acquis, le joueur sera autorisé à combattre la Ligue Pokémon, qui se compose des meilleurs dresseurs de Pokémon de la région. Le héros devra défaire les quatre membres de la Ligue et le maître ultime afin de devenir Maître Pokémon.
Au cours de l'aventure, le joueur rencontrera plusieurs fois deux organisations criminelles : la Team Magma et la Team Aqua. La Team Magma souhaite contrôler Groudon, afin d'agrandir les terres et la Team Aqua souhaite contrôler Kyogre, afin d'étendre les mer. Dans Pokémon Rubis, la Team Magma est l'adversaire du joueur, dans Pokémon Saphir, il s'agit de la Team Aqua. L'autre organisation est alliée.