Peter Parker est un adolescent orphelin élevé par sa tante May et son oncle Ben à New York, dans le Queens. Il ne possède qu'un seul ami au lycée, Harry Osborn, fils du richissime président et fondateur de la société Oscorp, Norman Osborn. Peter est également amoureux de Mary Jane Watson mais n'ose pas lui avouer ses sentiments. Peter est mordu par une araignée génétiquement modifiée lors de la visite d'un laboratoire organisée par son école. Il découvre qu'il possède des pouvoirs qui le rendent unique ; une force surhumaine, une agilité hors du commun, la capacité de s'accrocher aux murs et autres parois telle une arachnide ainsi que son plus grand pouvoir,son « sens d'araignée » l'avertissant des dangers imminents.

Norman Osborn, père de Harry, tente une expérience scientifique sur un produit sur lequel il travaille afin de relancer sa société qui touche le fond. Cependant sa personnalité est grandement altérée : il devient violent, agressif et tue son assistant.

Un soir, Peter participe à un combat de catch où une récompense de 3000 dollars est accordée au combattant survivant pendant 3 minutes face au « tronçonneur ». Peter y participe sous l'identité de Spider-Man et réussit à battre le catcheur en 2 minutes grâce à son agilité et sa force hors du commun malgré le fait que lui et le "champion" étaient enfermés dans une cage. Après le combat, l'organisateur refuse de lui donner la récompense en l'accusant d'avoir triché, il lui donne alors que 100 dollars. Au même instant, l'organisateur malhonnête se fait braquer par un voleur. Pour se venger, Peter laisse le voleur s'enfuir avec tout l'argent. Malheureusement cette erreur coûtera la vie à son oncle qui tenta de stopper le malfrat qui s'enfuyait. Peter enfile une nouvelle fois son costume et se lance à la poursuite du meurtrier de son oncle. Il le rattrape dans une usine désaffectée, mais ce dernier trébuche et passe à travers une fenêtre, se tuant de manière maladroite. Se sentant responsable de la mort de son oncle, Peter se fabrique le célèbre costume de Spider-Man et décide d'utiliser ses nouveaux pouvoirs pour faire le bien. Mary Jane sort avec Harry car lui aussi est amoureux d'elle mais Harry a osé avouer ses sentiments chose que Peter n'arrive pas à faire.



Plus tard, Norman Osborn perd sa société et ses délégués ont vendu Oscorp au principal rival de Norman, Quest. Norman est donc contraint de démissionner. Il devient le Bouffon Vert, attaque la ville de New York et assassine ses anciens délégués pour se venger. Mais Spider-Man veille au grain et arrive à repousser l'offensive du Bouffon Vert en ville. Norman change radicalement de personnalité et oblige son fils à rompre avec Mary Jane avant de remettre son costume maléfique. Il propose une alliance à Spider-Man afin de détruire la ville ensemble. Offre que Spider-Man refuse.



Offensé, le Bouffon Vert envoie tante May à l'hôpital et prend en otage Mary Jane ainsi qu'un car des scouts. Spider-Man les sauve, mais le Bouffon Vert s'en prend au justicier masqué et l'emmène dans de vieilles ruines d'un bâtiment. En déclarant vouloir tuer Mary Jane, Norman provoque la colère de Peter qui s'énerve et domine le méchant. Fou de rage, il éclate le masque du Bouffon et découvre que c'est Norman, le père de son meilleur ami Harry, qui mettait à feu et à sang la ville. Norman essaie de calmer Peter puis tente de le tuer avec son planeur télécommandé mais l'araignée esquive et Norman est transpercé par sa propre arme. Avant de rendre son dernier souffle, Norman demande à Peter de ne rien révéler à Harry. Lors des funérailles, Mary Jane va voir Peter pour lui avouer ses sentiments, l'embrasse, mais celui-ci, refusant de mettre sa vie en danger, est obligé de la considérer comme une amie et refuse son amour.