Histoire
Plusieurs siècles après la défaite de Ganondorf, celui-ci renaît dans la tribu des Gerudo. Il s'empare du Trident, une arme maléfique, et du miroir obscur dans le but de transformer Hyrule dans un monde de ténèbres. Il pense à s'associer avec Vaati mais le mage est scellé dans l'épée de Quatre. Grâce au miroir obscur, il créé de nombreux Link Noir afin de mettre Hyrule sans dessus dessous.
Hyrule étant recouvert par des nuages ténébreux, Zelda se rend alors en Terre d'Or accompagné des six jeunes prétresses et de Link afin de vérifier si le sceau de Vaati n'est pas entrain de faiblir. Au moment même où ils ouvrent le portail, un Link Noir apparaît et kidnappe les prêtresses. Link va alors chercher l'épée de Quatre pour sauver Zelda et les prêtresses mais en retirant l'épée de son piédestal, il libère Vaati qui rejoint alors Ganondorf.
L'épée ayant perdu ses pouvoir, Link doit aller chercher les gemmes de Force, source d'énergie ultime. Pour accroître son influence démoniaque, Ganondorf se sert de Vaati et transforme les joyaux en une porte menant au Monde des Ténèbre. Grâce au Trident, Ganondorf défait les quatres chevaliers et les transformes en monstres puis jette une malédiction sur les joyaux. Les Link Noirs dispersent les chevaliers et les joyaux dans différente régions d'Hyrule.
Link pravient à secourir les prêtresses et libère des ténèbres les joyaux ainsi que les chevaliers. Link peut désormais grimper dans la tour jusqu'au palais des Vents. Il libère la princesse et découvre le miroir obscur entrain de multiplier les Link Noirs, les affrontes un par un, récupère le miroir et triomphe de Vaati. Il ne restait plus que Ganon a affronter, en unissant leur forces, Link et Zelda parviennent à en venir à bout. Ganon ainsi que Vaati finissent scellé dans l'épée de Quatre, qui une fois reposé sur son piédestal rend son apparence d'une seule et même personne à Link. Hyrule est à nouveau en paix.
Complement
Je vous invite à regarder cette vidéo pour plus de détail concernant l'histoire du jeu. Elle aussi est basée sur le livre Hyrule Historia et complèmente ce qui n'est pas dit ici et inversement. En plus, elle traite du dévellopement du jeu, ce qui peut être très intéressant pour comprendre certains choix et enjeux.