Link ayant déjà sauvé le royaume d'Hyrule, se rend vers la Triforce, dans le château. Mais cette dernière l'envoie subitement à Holodrum. A peine arrivé, Link perd connaissance mais est récupéré par Din, une danseuse itinérante. Une fois réveiller, Link est invité à danser avec Din mais à ce moment, le ciel se recouvre de ténèbres et la voix d'Onox se fait entendre ainsi qu'une gigantesque tornade. Ce qu'il veut, c'est capturé Din qui se trouve être l'Oracle des Saisons. Link ne faisant pas le poids, Din se fait enlevée.

Les saisons sont bouleversée sans leur Oracle mais Link peut s'aider du sceptre des Saisons dans sa quête des huit essences de la nature. Avec l'aide de l'arbre Bojo, le gardien d'Holodrum, Link repoussa les ténèbres et part à l'assault du château d'Onox. Link parvient à sauver Din une fois Onox transformé en dragon noir vaincu.

Link se retrouve téléporté dans Labrynna, il parvient à sauver Impa, encerclé par des monstre. Ils poursuivent leur route et tombe sur Nayru. Veran sort du corps d'Impa et s'introduit dans celui de Nayru qui n'est autre que l'Oracle des Âges puis disparaît. Le cours du temps est alteré suite à la disparition de Nayru? Grâce aux pouvoir de Nayru, Veran se rend dans le passé et force la reine Ambi de faire construire une tour. Link par en quête des huits essences du temps avec l'aide de la harpe des âges. Link se rend vers la tour, parvient à faire sortir Veran du corps de Ambi et la vainc sous sa véritable forme, le temps est redevenu normal à Labrynna.

Je vous invite à regarder cette vidéo pour plus de détail concernant l'histoire du jeu. Elle aussi est basée sur le livre Hyrule Historia et complèmente ce qui n'est pas dit ici et inversement. En plus, elle traite du dévellopement du jeu, ce qui peut être très intéressant pour comprendre certains choix et enjeux.