Lors de leur quête d'une nouvelle terre, Link et Tetra rencontrent le mystérieux navire fantôme, Tetra embarqua inconsciemment dans le navire mais elle emportée dans une autre dimension avant que Link n'ai eu le temps de la ramener. Ce dernier tombe en mer et se réveille sur l'île Melka. Sur les conseils du vieux Siwan, Link part à la recherce du navire fantôme pour secourir son amie. Il est aussi guider par le capitaine Linebeck qui le guide en mer sur son bateau.

En remplissant petit à petit son sablier fantôme, Link sauve les esprits de la Force, de la Sagesse et du Courage. Grâce à ceux-ci, Link parvient à monter sur le navire fantôme et découvre que Tetra a été changer en statue de pierre par le spectre Bellum. A ce moment la, Siwan révèle sa véritable identité qui est celle du roi des mers et demande l'aide de Link pour éradiquer une bonne fois pour toute Bellum.

Link obtient l'épée spectrale, seule arme capable de vaince Bellum puis se rend au fond du temple du roi des mers. Bellum est vaincu, Tetra récupère son apparence mais le spectre n'est pas encore mort et prend possession du corps de Linebeck. Link finit quand même par remporter la victoire. Le roi des mers récupère alors sa véritable apparence. Tetra et Link regagnent leur dimension et continuent leur voyage.

Je vous invite à regarder cette vidéo pour plus de détail concernant l'histoire du jeu. Elle aussi est basée sur le livre Hyrule Historia et complèmente ce qui n'est pas dit ici et inversement. En plus, elle traite du dévellopement du jeu, ce qui peut être très intéressant pour comprendre certains choix et enjeux.