Tetra et Link ont fini par trouver une nouvelle terre où se trouve la tour des dieux et de nombreux chemins de fers sacrées. C'est ici que le nouveau d'Hyrule sera fondé. Grâce aux chemins de fers, le nouveau royaume d'Hyrule se dévellope très vite.
Cela fait un siècle depuis la création du nouveau pays et les lignes de chemins de fers disparaissent alors que Link reçoit son diplôme de chemineau de la part de Zelda. Link accompagne la princesse vers la tour des dieux afin d'enquêter sur la mystérieuse disparission des chemins de fers, ils rencontrent le ministre Kimado qui révêle ses intentions, il veut réssuciter le roi démon Mallard qui est scellé dans la tour des dieux. Zelda, dont le corps est nécessaire à Kimado, se voit son esprit séparé de son corps.
Link et l'esprit de Zelda se rendent à la tour de dieux et demande conseil à la sage de cette dernière, Dame Bicelle. Suite à la disparition des chemins de fers qui protégeait la tour des dieux, celle-ci est devenu inopérante et est séparé sur plusieurs étages. Les gardiens spectraux de la tour sont sont envoûtés par des esprit maléfique, Zelda devenu elle-même un esprit est capable de prendre possession de l'un deux.
Link et Zelda doivent se rendre dans tout les temples afin de remettre sur leur axe les étages de la tour des dieux. Zelda confit la flûte de la terre à Link pour qu'il puisse rencontrer les sages et avec leur aide, restaurer la barrière de la tour des dieux. Une fois au sommet de la fameuse tour, Link et la princesse assiste à la réssurection de Mallard, ils n'ont d'autre choix que de suivre le roi démon dans le Monde des Ténèbres pour récupérer le corps de Zelda. Après un long combat, Mallard est vaincu grâce au courage de Link et aux pouvoir de la princesse qui récupère son corps. Kimado et Mallard sont définitivement éliminer, les sages ainsi que Dame Bicelle, jugeant que leur devoir est accomplie, retournent vers les cieux. Le royaume d'Hyrule peut à nouveau grandir et prospérer.
Je vous invite à regarder cette vidéo pour plus de détail concernant l'histoire du jeu. Elle aussi est basée sur le livre Hyrule Historia et complèmente ce qui n'est pas dit ici et inversement. En plus, elle traite du dévellopement du jeu, ce qui peut être très intéressant pour comprendre certains choix et enjeux.