La peine maximale a été votée contre Ganondorf par les six sages mais comme le sceau de la Triforce repose encore en lui, il ne décède pas et tue un sage. Paniqué, les autres sages décident alors d'utiliser le miroir des ombres pour envoyer Ganondorf dans le monde du crépuscule.

Dans le monde du crépuscule, Ganondorf permet à Xanto de devenir de plus en plus puissant, celui-ci ambitionne de réunir les deux mondes. Une fois assez puissant Xanto transforme tout les habitants du monde de crépuscule en monstres. Midona, la princesse du crépuscules tente de s'opposer à Xanto mais se voit maudit et change aussi d'apparence, elle réussit malgré tout à rejoindre le monde de la lumière..

Le monde de la lumière était en paix depuis bien longtemps quand le crépuscule débuta l'invasion. Xanto devenu roi du crépuscule fit capituler la princesse Zelda. Les monstres envahirent peu à peu tout Hyrule, la lumière alors diffusée par les Esprit disparu peu à peu. Ce monde sombre peu à peu dans le crépuscule.

Midona cherche un moyen de lutter contre Xanto et rencontre un humain sous forme de loup dans le monde du crépuscule. Il s'agit de Link, descendant du Héros du temps. Midona décide de se servir de Link pour déjouer les plans de Xanto. Link arrive à restituer la lumières dans les différentes régions et à retrouver sa forme humaine. C'est après avoir récupérer les cristaux d'ombre que Xanto les attaques, blesse grièvement Midona, vole les cristaux et transforme Link en loup à nouveau. C'est en se rendant au château que Zelda leur conseillera de récupérer l'épée de légende et soignera Midona en lui donnant toute son énergie. En récupérant l'épée dans le sanctuaire de la forêt, Link récupère son apparence humaine.

C'est en arrivant devant le miroir des ombres que Link et Midona se rendent compte que celui-ci a été brisé par Xanto et comprend par la même occasion que la tragédie du monde du crépuscule est dûe au bannissement de Ganondorf. Une fois les morceaux du miroir des ombres récupérés, ils se rendent dans le monde du crépuscule pour affronter Xanto. Avec l'aide de Midona ayant repris les cristaux d'ombre pendant l'affrontement, Link parvient à éliminer le roi usurpateur.

Malgré la defaite de Xanto, les choses ne sont pas encore réglées, il reste encore Ganondorf à vaincre. Il s'est en effet servi de Xanto pour étendre les ténèbres et ainsi contrôler le château d'Hyrule. Link part à l'assault du château et affronte Ganondorf sous différentes formes. L'esprit de Zelda résidait encore à l'intérieur de Midona et a réussi à regagner son corps, elle viendra en aide Link dans son dernier affrontement avec ses flèches de lumières. Ganondorf est vaincu, il perd la marque de la Triforce qui était sur sa main, il n'est plus lié à la Triforce et meurt. Midona récupère sa véritable apparence et rentre dans son monde tout en prenant soin de briser le miroir des ombres afin que la lumière et le crépuscule ne se mêle plus jamais.

Je vous invite à regarder cette vidéo pour plus de détail concernant l'histoire du jeu. Elle aussi est basée sur le livre Hyrule Historia et complèmente ce qui n'est pas dit ici et inversement. En plus, elle traite du dévellopement du jeu, ce qui peut être très intéressant pour comprendre certains choix et enjeux.