Alors qu'il était censé être scellé, Ganondorf est à nouveau réssuciter. Il attaque les temples et assassine les deux sages qui priaient devant l'épée de légende puis s'établi dans la forteresse maudite et recherche la descendance de la princesse Zelda.

Le roi d'Hyrule de l'époque est réveillé par les Dieux pour stopper Ganondorf, son âme et sa conscience prennent possesion d'un bâteau, devenant ainsi le Lion Rouge. Il est à la recherche de sa descendance ainsi que d'un nouveau héros.

Ganondorf envoie un oiseau géant kidnapper toute les petites filles aux oreilles pointus espèrant ainsi trouver la princesse. Le Lion Rouge rencontre Link, un jeune garçon souhaitant sauver sa soeur qui fut enlever par le fameux oiseau géant. Link se voit confier la baguette des vents par le roi et part à la quête des perles divines. Une fois cela fait, il entre à la tour des Dieux et après de longues épreuves, il récupère l'épée de légende. Il se rue alors à la Forteresse Maudite pour défier Ganon mais l'épée a perdu ses pouvoirs. Link était accompagné de Tetra, une jeune pirate qu'il avait rencontré pendant son voyage et dont Ganondorf comprend qu'elle est la descendante royale.

Après s'être échappé de la Forteresse Maudite, Link et Tetra sont emmner dans la salle de l'épée de légende par le Lion Rouge qui révèle sa véritable identité ainsi que celle de Tetra à Link et cette dernière tout en rassemblant les deux morceaux de la Triforce de la Sagesse. Tetra changea alors d'apparence et s'éveille en tant qu'héritière et reste alors au château pour se caché de Ganondorf.

Link doit alors trouver la Triforce du Courage et redonner ses pouvoirs d'antan à son épée avec l'aide des descendant des sages de la terre et du vent. Link rassembla les huits morceaux de la Triforce du Courgae qui était caché dans l'océan et une marque apparut alors sur sa main, faisait de lui un vrai Héros. Lorsqu'il arrive au château d'Hyrule, il découvre que la princesse a été enlevé par Ganondorf. Link part à sa recherche dans le château de Ganondorf, une fois réunis, les trois éléments de la Triforce se rassemble pour laisser place à la véritable Triforce. Ganondorf s'approche alors de la relique divine dans l'espoir de faire exaucer son voeu mais le roi d'Hyrule et touche la Triforce avant Ganondorf, faisant le voeu de détruire Hyrule et de donner un avenir à Link et Zelda. L'affrontement final est engagé par Ganondorf mais il n'est pas de taille face à l'épée de légende et les flèches de lumières, il est définitivement vaincu. Link et Zelda remontent à la surface et partent en quête d'une nouvelle terre.

Je vous invite à regarder cette vidéo pour plus de détail concernant l'histoire du jeu. Elle aussi est basée sur le livre Hyrule Historia et complèmente ce qui n'est pas dit ici et inversement. En plus, elle traite du dévellopement du jeu, ce qui peut être très intéressant pour comprendre certains choix et enjeux.