Après avoir dénoncer Ganondorf auprès de Zelda, Link passse au Ranch Lon Lon pour emprunter la jeune jument Epona et décide de partir à la recherche de son amie Navi. Après plusieurs mois de recherches vaines, il se pert dans une étrange forêt qui permet un accès vers le monde parallèle de Termina. Mais rien ne va plus à Termina, en effet la lune est en train de tomber et il ne reste que trois jours avant que tout soit détruit.

Cette catastrophe est dû à Skull Skill, l'enfant esprit. Il a volé le masque Majora au vendeur itinérant or ce masque possède d'énormes pouvoir. Skull Kid ne réalisant pas les conséquences de ses actes, continue à chaparder et fini par rencontrer Link. Il lui vole son ocarina du temps, Epona et le transforme en un Mojo. Link fini par retrouver son ocarina et grâce au marchand de masques, il récupère sa forme originelle mais en échange, le marchand souhaite que Link arrête Skull Kid en lui reprennant le masque de Majora.

Je vous invite à regarder cette vidéo pour plus de détail concernant l'histoire du jeu. Elle aussi est basée sur le livre Hyrule Historia et complèmente ce qui n'est pas dit ici et inversement. En plus, elle traite du dévellopement du jeu, ce qui peut être très intéressant pour comprendre certains choix et enjeux.